细胞鉴定

细胞STR鉴定

  背景

据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识，因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而导致研究结论错误、结果不可重复、临床细胞治疗灾难性后果，这浪费大量时间、精力和金钱。

因此近年NIH、ATCC、Nature和Science等对此多次发出呼吁，要求研究者对细胞进行鉴定 ，STR基因分型已被ICLAC、ATCC等权威机构作为金标准应用于细胞鉴定，目前越来越多的杂志要求在投稿时提供细胞STR分型数据。细胞系STR鉴定——及时发现您的细胞是否被交叉污染或错误辨识。

由于STR技术的高灵敏度、自动化程度高、准确快速、重复性好等优点，STR基因分型已被作为金标准应用于细胞鉴定，由于细胞系交叉污染或错误辨识而导致研究错误、结果不可重复等情况的存在，因此建议在实验开展前进行细胞的STR鉴定分析。

原理

STR（Short Tandem Repeat，短串联重复序列）基因位点由长度为3～7个碱基对的短串连重复序列组成 ，这些重复序列广泛存在于人类基因组中，约占人类基因组的3%，可作为高度多态性标记，被称为细胞的DNA指纹。

细胞STR鉴定即通过STR信息建立细胞系的遗传特性，通过STR鉴定来检测细胞是否发生交叉污染或者误认的情况。STR 基因座位上的等位基因可通过扩增区域内重复序列拷贝数的不同来区分，在毛细管电泳分离之后可通过荧光检测来识别。随后通过一定的计算方法，即可根据所得的STR分型结果与细胞STR数据库比对，从而推算出样品所属的细胞系或可能的交叉污染的细胞系名称。

  检测流程

l收集细胞、样品寄送

DNA样本：基因组DNA OD260/OD280=1.8-2.0浓度=50ng/ul体积=20ul  

细胞样本：细胞数≥10^6 cells体积>20ul收集细胞沉淀

lSTR位点扩增

荧光引物PCR扩增20个STR位点

lSTR位点分型

扩增产物经3730XL测序仪电泳。获得细胞基因分型结果

l数据库比对

美国ATCC细胞库 德国DSMZ细胞库 日本JCRB细胞库

  人源细胞STR位点信息

  样品要求

l细胞样本：

常温细胞样本使用T25瓶寄送，细胞数≥10⁶；

冻存管细胞样本使用干冰寄送，细胞数≥10⁶；

细胞沉淀样本使用冰袋寄送，细胞数量≥10⁶。

lDNA样品：

OD260/OD280=1.8~2.0，DNA浓度≥50ng/μl, 体积≥20μL，冰袋寄送。